Aunque no forma parte de los Institutos Nacionales de Salud, los recortes en el sector afectaron también al Centro Nacional de Salud de la Infancia y la Adolescencia, al que le darán 4.5% menos recursos. En 2023 se le asignó un presupuesto de 14 mil 784 millones de pesos y para 2024 le darán 14 mil 121 millones, es decir, 662 millones de pesos menos.

De acuerdo con el análisis realizado por el CIEP, cinco de los Institutos Nacionales de Salud tienen un aumento de presupuesto por debajo del 1%, se trata del Ciencias Médicas y Nutrición, el Gea González, Cancerología, Psiquiatría y Salud Pública. 

En tanto, los institutos Infantil y de Medicina Genómica tienen aumento de 1%, mientras que al Hospital General de México Eduardo Liceaga le aumentaron 2% y al Instituto Nacional de Geriatría de 2.3%. 

Un sexenio complicado para los Institutos Nacionales de Salud

En  mayo de 2019, los Institutos Nacionales de Salud estuvieron a punto de vivir una crisis, cuando  la Oficialía Mayor de la Secretaría de Hacienda, en ese entonces en manos de Raquel Buenrostro, le congeló 2 mil 400 millones de pesos de su presupuesto, lo que a decir de directivos, habría causado una parálisis en la atención. 

Después del estira y afloja, el 24 de mayo de ese mismo año el secretario de Salud, Jorge Alcocer, dijo en entrevista con La Silla Rota que tras haber realizado un análisis se determinó descongelar las cuentas con más de 2 mil 400 millones de pesos. 

A partir de 2020, los Institutos Nacionales de Salud han mantenido ligeros incrementos presupuestales, aunque en dos casos hubo recortes y no se han recuperado, como el Instituto Nacional de Geriatría al que le dieron en 2020 su presupuesto máximo hasta ahora que fue por 100 millones 442 mil 238 pesos en 2021 le recortaron y aunque le aumentaron en 2022 y 2023, no ha vuelto a ese nivel. 

Lo mismo ocurre con el Instituto Nacional de Medicina Genómica, al que le dieron su máximo presupuesto en 2022, por 390 millones 883 mil 506 y después disminuyó en 2023 y 2024.